构建英雄副本的通关阵容，核心在于依据副本机制与敌人特点，平衡输出、生存与控制能力，并充分利用忍者间的羁绊效果实现战力加成。阵容搭配并非固定不变，需根据玩家所拥有的忍者池进行灵活调整，优先选择技能连贯、追打协同性高的组合。一个高效的队伍通常需要包含承担伤害的前排、提供主要输出的核心以及具备治疗、增益或打断能力的辅助角色，通过激活特定的阵营或小队羁绊，可以获得额外的属性提升与战斗特效，这是强化队伍整体实力的重要途径。
存在以高爆发伤害快速终结战斗的菜刀队流派，以及依靠控制链与持续消耗的稳健流派。高爆发阵容通常围绕如宇智波斑、鸣人等具有强大奥义或普攻连击的忍者构建，追求在前几个回合内压制或解决关键目标。而稳健型阵容则可能依赖佩恩、碧蓝之牙等具备复活、治疗或群体免疫能力的忍者，通过持久战消耗对手。对于特定高难度副本，有时需要采用功能特化的阵容，例如利用志乃、鬼童丸等忍者提供稳定的减抗与属性削弱，为队伍创造输出窗口，这证明即使非顶级忍者，通过合理的技能搭配也能应对挑战。
战力的有效提升是阵容能够发挥预期作用的基础，这涉及到忍者本身等级、技能的强化，以及装备、忍具、通灵兽等系统的综合培养。在进行副本挑战前，确保核心忍者的关键技能得到升级，装备进行合理的精炼与强化，可以有效弥补战力差距。资源管理方面，日常副本扫荡、限时活动参与是获取忍者碎片与培养材料的主要渠道，合理分配体力与挑战券至关重要。团队副本要求较高的平均战力门槛，普通难度与修罗模式对装备掉落有不同影响，玩家需要根据自身实力阶梯式挑战，并注意活动中获取的特殊道具需在规定时间内使用。
掌握副本的实战策略与团队协作要点，往往比单纯提升战力更为关键。许多英雄副本的BOSS拥有独特的技能机制和阶段转换，例如需要同步击杀、躲避全屏技能或压制查克拉等。在战斗过程中，观察敌人的行动顺序，预留关键控制或打断技能以应对BOSS的奥义，是通用的技巧。对于需要多人协作的团队副本，各小队明确分工、互不干扰、共同协调输出节奏是通关的核心，任何无序的行动都可能导致攻略失败。充分了解关卡机制，并进行针对性的阵容调整与操作演练，能够显著提高通关的成功率与稳定性。
