稀有精灵的分布具有明确的区域性和条件限制。三神鸟作为最具代表性的传说精灵，闪电鸟位于无人发电厂最深处，火焰鸟需在灯火山顶部触发战斗，急冻鸟则藏于双子岛最深处，需推动岩石阻挡水流后才能遭遇。超梦作为剧情关键精灵，需通关后进入华蓝洞窟最底层，其等级高达70且捕获难度较大。梦幻的获取方式较为特殊，需通过官方活动获得特殊钥匙，在一座小岛房屋内触发事件。
除传说精灵外，部分非神兽类稀有精灵也有固定出现条件。迷你龙仅能通过高级钓竿在野生原野区水域钓得，出现概率较低但可进化为快龙。乘龙作为剧情赠送精灵，在金黄市希鲁夫公司解救事件后获得。卡比兽需使用宝可梦笛子唤醒，分别挡在12号路和15号路，捕获后无法再次遇到。化石精灵菊石兽与化石盔需在月见山深处击败研究员后二选一复活，另一只将永久无法获取。
七岛作为通关后新增区域，包含更多稀有精灵资源。雪拉比隐藏在三号岛附近的森林中，需完成特定任务链才能触发。洛奇亚出现在一号岛山顶，凤王则栖息于三号岛草丛，两者均需完成七岛主线剧情。伊布作为特殊进化型精灵，可在彩虹市大厦顶层通过后门进入获取，该位置仅能触发一次捕获机会。
精灵的捕获策略需结合其特性与战斗表现。三神鸟建议使用催眠或冰冻技能控制后削弱血量，优先使用高级球或计时球。超梦因具有极高逃脱率，需准备充足的高级球与大师球。普通稀有精灵如迷你龙可通过提升钓竿等级增加遭遇概率，卡比兽则需确保笛子唤醒后快速削弱其血量以避免逃跑。所有稀有精灵遭遇前建议存档，以便捕获失败后重新尝试。
游戏后期可通过特定道具提升稀有精灵的实用价值。红蓝绿宝石分别位于火烈山山洞、海底深处和森林隐藏通道，用于强化精灵能力或解锁特殊操作。神秘琥珀在特定地点获取后可复活化石翼龙，而大师球作为百分百捕获道具，建议保留用于超梦或三神鸟等传说精灵。部分稀有精灵如梦幻与雪拉比需通过特殊事件触发，正常游戏流程中无法获取。
火红版独占阿伯蛇、卡蒂狗、飞天螳螂等精灵，而叶绿版则提供走路草、大舌贝等不同选择。386版本扩展了精灵分布范围，如梦幻可在1号道路遭遇但需二周目解锁。游戏内精灵图鉴会根据栖息地、体重等条件分类显示，便于玩家制定捕捉计划。联机交换功能可补充版本限定精灵，但需通过GBA无线适配器实现。
